با تلاش جمعی از پیش‌کسوتان باغبانی کشور، این انجمن در سال ۱۳۶۸ با نام انجمن باغبانی و با مجوز وزارت کشور تأسیس شد. در سال ۱۳۸۰، این انجمن با نام انجمن علوم باغبانی ایران در وزارت علوم ثبت گردید و از آن زمان تا کنون به ترویج و توسعه علوم باغبانی در ایران پرداخته است